目前中心共有十个职能部门和十个科研团队。职能部门分别为办公室、发展规划部、财务部、人力资源部、项目管理部、技术质量部、党群工作部、纪检监察部、运营保障部、科技委办公室，其中运营保障部下设基建管理办公室；科研团队分别为发展战略研究部、总体论证研究部、气动与声学研究部、结构设计技术研究部、强度分析技术研究部、多电综合研究部、航电技术研究部、民机健康管理技术研究部、数字仿真实验室、民机先进结构与工艺实验室。